Участник:EvgSokolov/Сравнение
Материал из MachineLearning.
< Участник:EvgSokolov(Различия между версиями)
(Новая: {| class="wikitable" |- ! Метод ! Фоновая поправка ! Шкала ! Число чипов |- ! vsn | глобальная | glog | много |- ! RMA | глобаль...) |
|||
| (2 промежуточные версии не показаны) | |||
| Строка 4: | Строка 4: | ||
! Фоновая поправка | ! Фоновая поправка | ||
! Шкала | ! Шкала | ||
| - | ! | + | ! Суммаризация |
|- | |- | ||
! vsn | ! vsn | ||
| глобальная | | глобальная | ||
| glog | | glog | ||
| - | | | + | | множественная |
|- | |- | ||
! RMA | ! RMA | ||
| глобальная | | глобальная | ||
| log | | log | ||
| - | | | + | | множественная |
|- | |- | ||
! gcRMA | ! gcRMA | ||
| локальная | | локальная | ||
| log | | log | ||
| - | | | + | | множественная |
|- | |- | ||
! PLIER | ! PLIER | ||
| локальная | | локальная | ||
| glog | | glog | ||
| - | | | + | | множественная |
|- | |- | ||
! dChip | ! dChip | ||
| локальная | | локальная | ||
| - | | | + | | lin |
| - | | | + | | множественная |
|- | |- | ||
! MAS5 | ! MAS5 | ||
| локальная | | локальная | ||
| log | | log | ||
| - | | | + | | одиночная |
|- | |- | ||
! hook | ! hook | ||
| локальная | | локальная | ||
| glog | | glog | ||
| - | | | + | | одиночная |
|} | |} | ||
| + | |||
| + | Виды фоновой поправки: | ||
| + | * Глобальная — считается, что все пробы на одном чипе имеют одинаковый фон. | ||
| + | * Локальная — фон каждой пробы оценивается по отдельности. Как правило, это делается с помощью интенсивностей MM-проб. | ||
| + | |||
| + | Виды шкал: | ||
| + | * lin — линейная | ||
| + | * log — логарифмическая | ||
| + | * glog — обобщенно-логарифмическая, <tex> glog(x) = log\left[ \frac{x + \sqrt{x^2 + c^2}}{2} \right]</tex>, где <tex>c</tex> — параметр. | ||
| + | |||
| + | Виды методов суммаризации: | ||
| + | * Одиночная — используются данные только одного чипа. Примером может служить [[взвешенное среднее Тьюки]] по набору проб, соответствующих одному гену. | ||
| + | * Множественная — одновременно используются данные нескольких чипов. Пример такого метода — median polish. | ||
Текущая версия
| Метод | Фоновая поправка | Шкала | Суммаризация |
|---|---|---|---|
| vsn | глобальная | glog | множественная |
| RMA | глобальная | log | множественная |
| gcRMA | локальная | log | множественная |
| PLIER | локальная | glog | множественная |
| dChip | локальная | lin | множественная |
| MAS5 | локальная | log | одиночная |
| hook | локальная | glog | одиночная |
Виды фоновой поправки:
- Глобальная — считается, что все пробы на одном чипе имеют одинаковый фон.
- Локальная — фон каждой пробы оценивается по отдельности. Как правило, это делается с помощью интенсивностей MM-проб.
Виды шкал:
- lin — линейная
- log — логарифмическая
- glog — обобщенно-логарифмическая,
, где
— параметр.
Виды методов суммаризации:
- Одиночная — используются данные только одного чипа. Примером может служить взвешенное среднее Тьюки по набору проб, соответствующих одному гену.
- Множественная — одновременно используются данные нескольких чипов. Пример такого метода — median polish.
